No puedes hacer nada al respecto en xpadder. El programa detecta automáticamente los dos joysticks, no hay forma de añadir otro. Si el panel de control de windows ha detectado dos, seguro que el xpadder te detecta dos y aparecerán dos pestañas. (Ver post)
Imprescindible tener desinstalado el programa que te viene con los joysticks.
En cuanto a la configuración del simulador en cuestión, nunca escojas la opción de joystick si vas a usar xpadder.

PD. Si esta discusión se va a centrar en la configuración de joysticks con xpadder, mejor sería tratarlo desde el hilo correspondiente. Saludos