Hola, Jony.
Yo tengo unos logitech y me ocurría lo mismo que te pasa a ti. Con el programa que traen es imposible configurar dos joysticks del mismo modelo.
La solución es no instalar ese programa (o desinstalarlo si ya lo tienes en el pc), simplemente basta con los controladores necesarios (que a lo mejor te los coge directamente la primera vez que pinchas los usb)
Y luego puedes utilizar un programa externo, como te indicaba Matia en los links de nuestro foro.
A ver si lo consigues. Saludos